van der Spoel labb

Min grupp arbetar på att förbättra modeller och metoder för att göra molekyldynamik (MD) simuleringar. Med MD simulering som baseras på en fysikalisk modell kan man studera hur molekyler interagerar och hur de rör sig i tiden. Resultaten kan analyseras för att ta fram grundläggande information om molekyler, vätskor och komplexa biologiska system såsom hela viruspartiklar. Vi studerar viruspartiklar i syfte att förstå infektion: vad händer när en viruspartikel kommer in i en cell? Hur kommer RNA:t ut ur kapsiden? Ett annat ämne vi arbetar på är att förstå hur RNA-genomet kan veckas inuti en liten viruspartikel. Slutligen forskar vi på hur nybyggda virus kan ta sig ut ur en cell igen.

Populärvetenskaplig presentation

Virus orsaker stora problem för växter och djur, och därför är det viktigt att förstå deras uppbyggnad, livscykler och hur infektionsprocessen går tillväga. Det finns en hel del mätningar kring virus, men vissa saker, såsom hur genomet inkapslas är svårt att ta reda på. Vi kommer att använda datasimuleringar för att bygga en komplett modell av en viruspartikel med genom, för att sedan kunna göra läkemedel. Bakterier som har blivit resistenta mot antibiotika är likaledes ett växande problem orsakat av överanvändning av läkemedel inom främst djurhållningen; till exempel används 80% av antibiotika i USA i djuruppfödningen och även om inte detta händer på samma skala i Sverige sprider sig de resistenta bakterier världen över. Det finns en klass naturliga peptider (en sammansättning av ett mindre antal aminosyror) med antibiotiska egenskaper. Här ska vi studera några sådana peptider som förmodas kan förstöra en cellvägg genom att bygga en kanal där vatten och andra små molekyler eller joner kan flytta igenom. På grund av denna egenskap kan sådana peptider bara användas utvärtes, t.ex. i ögonen eller på infekterade sår. Vi ska mäta om det är rimligt att sådana kanaler byggs utav dessa peptider och hur snabbt vatten och joner kan transporteras igenom kanalerna. Inom min forskning används simuleringar med hjälp av datamodeller som har byggts och förfinats under decennier. Även om dessa modeller är ganska bra finns det mycket utrymme för förbättring. Här ska vi även arbeta på att göra bättre modeller och verktyg för sådana simuleringar. Dessa verktyg kommer att distribueras som öppen källkod för att andra forskare inom universitetsvärlden eller industri kan granska koden. De nya modellerna kommer att förfinas och testas på organiska vätskor. Noggranna modeller för sådana vätskor är av stort intresse för kemiindustrin. I och med dessa nya metoder samt de avancerade tillämpningar kommer det här projektet att flytta fram kunskapsnivån inom många områden.

Forskning

...

Välkommen till vår extern hemsida

Gruppmedlemmar

Gruppmedlemmar: David Van der Spoel

Medarbetare

David van der Spoel, Ph. D., Professor

Marie-Madeleine Walz, Ph.D., Postdoc

Alfred Andersson, Ph.D. student

Kristian Kriz, Ph.D., Postdoc

Paul J. van Maaren, M.Sc. Visiting scientist

Senast uppdaterad:

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin